Entièrement creusée dans la grotte, elle fut, selon la tradition, le refuge du saint, alors missionnaire portugais Ferdinand de Bulhoes, dont le navire avait été détourné par une violente tempête au cours d'un voyage vers sa ville natale de Lisbonne (1221). Après sa mort (1231) et sa canonisation (1232), la grotte a été transformée d'abord en lieu de prière, puis en sanctuaire, aujourd'hui grâce aux interventions successives de 1575, 1737 et 1783.