Au début du XVIIe siècle, le couvent des pères réformés franciscains rattaché à l'église du Crucifix s'élevait dans un vaste espace ouvert.
Le site avait déjà été utilisé dans l'Antiquité pour des lieux de culte mentionnés par Perdichizzi : la vénération pour le martyr oriental Papia était basée sur une légende qui racontait l'arrivée de la dépouille du saint sur la plage de Ponente, miraculeusement apportée par la mer.
Une ancienne église, peut-être dédiée à Notre-Dame de Lampedusa, avait été restaurée en 1566. En 1618, les Pères réformés construisirent leur couvent dans l'église préexistante et, en 1629, ils commencèrent la reconstruction de l'église et du couvent selon un projet financé par la ville. Les actes officiels modifient légèrement les données littéraires : il semble que les travaux du couvent aient commencé en 1620 et que, la même année, l'administration municipale ait officiellement attribué le site, une fois les travaux commencés, aux moines ; en 1627, l'église était achevée grâce à des aumônes demandées également à la municipalité, qui a versé d'autres aides en 1628 et en 1630.
Perdichizzi rappelle qu'à son époque, seuls le maître-autel et les autels de Notre-Dame de la Providence et du Crucifix existaient. Lors du siège de 1718, l'ensemble monastique subit de graves destructions : selon Piaggia, un dortoir s'est effondré et il ne restait de l'église qu'une partie du chœur. On ne dispose d'aucune information sur la reconstruction du XVIIIe siècle : le grandiose autel en bois réalisé par le frère Lodovico Calascibetta de Petralia Sottana, mort en 1729, date probablement de cette phase, car il est peu probable que la création ait échappé à la destruction de l'église. D'importants monuments funéraires ont été érigés au cours du XVIIIe siècle par plusieurs familles privées et, en 1798, le culte du Crucifix a reçu une nouvelle force grâce à la déchirure miraculeuse du simulacre du frère Umile de Petralia.
En 1934, l'ensemble du complexe a été remodelé et l'église a reçu une nouvelle façade conçue par Giuseppe Mallandrino, qui s'est inspiré de l'architecture éclectique reformulée du XVIIIe siècle en Sicile. L'intérieur de l'église a été réaménagé et décoré de fresques par Salvatore et Guido Gregoretti. L'examen de l'état du complexe permet d'identifier les différentes phases de construction.
Un grand jardin s'étendant vers la mer fut annexé au monastère et aux maisons de la rue Grotta Polifemo, qui nous sont parvenues dans leur aspect du XIXe siècle, comme en témoigne un blason franciscain sur la dernière maison au numéro 43. Sur le vaste sol de l'église se dresse une colonne crucifère de structure ancienne mais récemment restaurée dans sa base, qui a été recouverte de plaques de marbre.
La façade de l'église est d'un seul tenant avec des pilastres géants corinthiens jumelés flanquant le sobre portail au tympan brisé sur lequel s'ouvre un élégant oculus : un mouvement concave-convexe ostensible anime la façade, impliquant le grand tympan avec les armoiries franciscaines entre de lourds festons et volutes.
L' intérieur est constitué d'une seule nef avec une abside quadrangulaire et des pronaos.
Dans la nef, il y a trois autels de chaque côté, disposés symétriquement dans des arcs : la disposition actuelle souffre d'interventions récentes, avec des marbres de peu de valeur, à l'exception de la façade marquetée du XVIIIe siècle de l'autel de Saint Pascal. Toutes ont des statues polychromes assez récentes : on peut rappeler la Madone de la Providence dont le culte est déjà attesté par Perdichizzi. Cependant, l'auteur mentionne une statue de marbre qui pourrait avoir été détruite en 1718. Une plaque (I devoti // Cav. F.sco Iannello // F.sco Daví // 1903) rappelle les travaux de rénovation.
L'autel du Crucifix est d'une grande importance : cet objet artistique en bois a été sculpté en 1635 par le frère Umile de Petralia aux frais de la famille Baele.
Le mur du fond de la chapelle, circonscrit par l'arc, a été aménagé (recouvrant une ancienne peinture des Maries au pied du Crucifix) avec d'anciens reliquaires dans des coffrets et des cadres en bois richement sculptés.
Dans la nef, il y a trois autels de chaque côté, disposés symétriquement dans des arcs : la disposition actuelle souffre d'interventions récentes, avec des marbres de peu de valeur, à l'exception de la façade marquetée du XVIIIe siècle de l'autel de Saint Pascal. Toutes ont des statues polychromes assez récentes : on peut rappeler la Madone de la Providence dont le culte est déjà attesté par Perdichizzi. Cependant, l'auteur mentionne une statue de marbre qui pourrait avoir été détruite en 1718. Une plaque (I devoti // Cav. F.sco Iannello // F.sco Daví // 1903) rappelle les travaux de rénovation.
L'autel du Crucifix est d'une grande importance : cet objet artistique en bois a été sculpté en 1635 par le frère Umile de Petralia aux frais de la famille Baele.
Le mur du fond de la chapelle, circonscrit par l'arc, a été aménagé (recouvrant une ancienne peinture des Maries au pied du Crucifix) avec d'anciens reliquaires dans des coffrets et des cadres en bois richement sculptés.