Die befestigte Zitadelle, die gemeinhin als "Burg" bezeichnet wird, steht an der Stelle von primitiven griechischen, römischen, byzantinischen und arabischen Siedlungen.
Die Kontinuität des Lebens auf der Burg, die zur Zerstörung der ältesten Überreste führte, hat jedoch keine detaillierte Rekonstruktion der Phasen der Anlage vor der normannischen Eroberung ermöglicht.
Unter den Normannen, zwischen dem 11. und 13. Jahrhundert, übernahm die Burg also nicht nur die Funktion einer militärischen Verteidigung, sondern auch die eines Bezugspunkts für die territoriale Organisation eines großen Gebiets: Der Bau der Mastio geht auf die normannische Zeit zurück.
Unter Friedrich II. von Schwaben (13. Jahrhundert) wurde die Befestigung um den Mastio dank der Arbeit des Architekten Riccardo da Lentini erweitert.
Im 14. Jahrhundert nahmen die Aragonier einige Veränderungen an der Burg vor. Unter Alfons dem Großmütigen (15. Jh.) wurden weitere Veränderungen vorgenommen, die am Ende desselben Jahrhunderts dank Ferdinand dem Katholischen zur Errichtung mächtiger Mauern (Cinta Aragonese) führten, die die friderizianische Struktur mit einschlossen.
Der Bau des Spanischen Gürtels begann 1525, während der Herrschaft Karls V., unter Vizekönig Ettore Pignatelli. Die spanische Mauer schloss die alte mittelalterliche Siedlung endgültig ein. Im Bereich zwischen der aragonesischen und der spanischen Mauer wurden militärische, zivile und religiöse Gebäude errichtet.
Innerhalb der Festungsmauern (im Süden die Bastion Santa Maria, die zwischen dem 16. und dem frühen 17. Jahrhundert errichtet wurde; im Norden die Bastion der Inseln, die im 16. Jahrhundert erbaut wurde) wurden Räume für Vorratskammern und Ställe geschaffen; zahlreiche Zisternen, die über mehrere Bereiche verteilt waren, dienten der Wasserversorgung von Zivilisten und Militär.
In der Zwischenzeit, vielleicht schon zur Zeit der Aragonier, begann eine unaufhaltsame Abwanderung aus den Mauern in Richtung des Dorfes und des unteren Teils der Stadt. Der Bau der Alten Kathedrale geht auf das Jahr 1608 zurück und wurde innerhalb der spanischen Mauern errichtet, als Versuch der Vizekönige, die Abwanderung der Bevölkerung zu stoppen. Das ehemalige Kloster der Benediktiner und des Heiligen Erlösers, mit dessen Bau 1616 begonnen wurde, steht an der Stelle anderer Gebäude, deren Nutzung unbekannt ist.
Im Jahr 1778 zerstörte laut den damaligen Chroniken ein Brand, der wahrscheinlich auf Brandstiftung zurückzuführen war, das Rathaus, das gegenüber der Alten Kathedrale stand. Nach diesem Vorfall verließen die Bürger die Zitadelle für immer.
Im Jahr 1718 belagerten die Spanier, die zu diesem Zeitpunkt den größten Teil ihrer Macht verloren hatten, Milazzo 219 Tage lang, ohne das gewünschte Ergebnis zu erzielen, und forderten dabei zahlreiche Opfer. Im Jahr 1734 begann die Herrschaft der Bourbonen, die, abgesehen von einem kurzen britischen Intermezzo zwischen 1806 und 1815, bis 1860 andauern sollte.
