Alcune tele del Settecento attribuite a Scipio Manni e raffiguranti la Crocifissione, l’Annunciazione e la Messa di San Gregorio; altri dipinti che troviamo nella zona del coro sono la morte di Sant'Andrea d’Avellino, San Nicola (1804), Sant'Antonio Abate e la Probatica Piscina (1785). Il fonte battesimale e la custodia a muro dell’Olio Santo risalgono al 1626, mentre il pavimento al 1777. Al centro della volta un affresco del 1761 che raffigura Il processo e Martirio di San Giacomo. L’altare maggiore del Seicento è quello dell’antico Duomo al Castello, trasferito qui nel 1866 in sostituzione di un antichissimo altare ligneo. Nell’ingresso si trovano il modesto monumento Zirilli Proto del 1862. Infine bisogna ricordare la presenza della cripta seicentesca sottostante l’area del presbiterio dove furono seppelliti i resti di numerosi combattenti garibaldini del 20 luglio 1860 e del patriota milazzese Matteo Nardi, trasferiti nel 1864 nel grande ossario dell’antico cimitero di San Giovanni. E ancora un foro segnato da un cerchio e da una data, 25 luglio 1943, che ricorda la prodigiosa incolumità del tempio nel corso dei bombardamenti anglo – americani quando un ordigno sfondò il tetto e cadde inesploso ai piedi della statua di Santo Stefano Protomartire.