Segue il quadro dedicato al Martirio di S. Stefano (1729) del messinese Letterio Paladino. L’attiguo altare, dedicato al Cuore Immacolato di Maria, è del 1957. Troviamo poi la tela dei SS. Martiri Milazzesi (vittime, tra il 251 e il 257, della persecuzione operata da Tertullo, governatore di Sicilia, su editto dell’Imperatore Decio), opera di ignoto, commissionata nel 1622 dai Giurati per il Duomo antico. Altre due opere di Scipione Manni sono presenti all’interno della Chiesa Madre: nella parete frontale del transetto una tela, la Madonna del Lume (1754), e il Velario Pasquale, utilizzato in occasione della Settimana Santa. Il fonte battesimale rinascimentale proviene dal Duomo Antico, mentre l’altare maggiore è un’opera neoclassica del tardo Settecento. Tra il 1991 ed il 1992 è stata realizzata la retrostante struttura atta ad ospitare la statua di S. Stefano, realizzata nel 1784 dallo scultore Filippo Quattrocchi Romano e ai cui lati sono poste due tavole di Antonello de Saliba datate 1531: S. Pietro e S. Paolo.
Nel presbiterio sono presenti altre tre opere di questo artista, al centro la Natività e ai lati due piccoli dipinti rappresentanti S. Rocco e S. Tommaso. In alto l’Annunciazione, attribuita al pittore messinese Antonio Giuffrè così come, sul lato opposto, il S. Nicola in trono e storie della sua vita (1485). Nel tetto, a cassettoni policromi e decorati, sono due affreschi che raffigurano episodi della vita di S. Stefano Protomartire. Gli otto medaglioni sulle due pareti della navata centrale raffigurano: S. Stefano, S. Francesco da Paola, i Santi Martiri Milazzesi, il milazzese S. Leone II Papa, S. Gaetano, S. Antonio da Padova, il Beato Annibale Maria di Francia e S. Eustochia Smeralda Calafato. La sacrestia è arredata con mobili settecenteschi, mentre il campanile è caratterizzato da cinque campane, quattro delle quali provengono dal Duomo Antico.
Il Tesoro è composto da un ostensorio in argento dorato del 1500, donato probabilmente da un prelato inglese al tempo di Enrico VIII Tudor, dal reliquiario del Braccio di S. Stefano in argento e argento dorato del 1688, da un altro reliquiario in argento con il legno della Santa Croce, da due Corone in argento sbalzato del XVII secolo e dalla raggiera in argento che adorna, nella solennità, il capo di S. Stefano.