Le Perdichizzi en plus de rappeler la grotte pour le mythe des « géants », rapporte une note historique, écrivant que pendant la période espagnole la grotte a été utilisée comme poudrière, c’est-à-dire comme usine de poudre. C’est pourquoi elle fut protégée par un bastion défensif en forme de pointe de flèche. A preuve de cela la Grotte Polyphème est indiquée comme « Pouvriere » dans l’impression « Plan de Melazo », gravure en cuivre réalisée à Paris en 1719 par le Français Nicolas de Fer (1640-1720). Pendant la période napoléonienne, les occupants anglais l’ont adaptée à une prison militaire. Il Piaggia affirme que la grotte se trouvait « au niveau de la plage », aujourd’hui l’accès se fait par une rampe en remblai. Cela confirmerait l’opinion selon laquelle la grotte aurait été « réduite à un dixième de sa primitive amplitude par les cavatoi de pierres qui, de 1879 à 1885, en abattant la plus grande partie de la voûte, en environ 15 ans de travail continu, en remplirent l’intérieur de terreau, le soulevant du plan routier de l’actuel « . Pour donner un crédit supplémentaire à cette thèse même les fouilles de l’archéologue Luigi Bernabò Brea que je trouve cocciame romain seulement au-delà des sept mètres de profondeur, sous une couche épaisse de matériau résultant. La grotte a subi des modifications pendant la Seconde Guerre mondiale : en 1943, le génie militaire a financé des travaux de fouilles pour y placer des artillerie. Plus tard, il a été utilisé comme refuge pour les personnes déplacées. En 1955, il a été utilisé comme une boîte de nuit, jusqu’à sa fermeture définitive dans les années quatre-vingt.

Carmelo Isgrò Guida alla natura di Capo Milazzo, Milazzo 2016